Decir que una especie se ha extinguido es una afirmación relativa, ya que primero debe aclararse si se trata de una extinción a escala local, nacional, regional o mundial; también es necesario que transcurra un largo período de tiempo (unos 50 años) sin que la especie se haya observado y, por supuesto, se debe tener un amplio conocimiento de ella (el comportamiento, la distribución, etc.).La extinción de especies es un fenómeno natural, que ha ocurrido desde el inicio de la evolución de la vida en el planeta. Se han realizado estimaciones del tiempo promedio que transcurre entre el origen y la extinción de una especie y, dependiendo del grupo taxonómico, éstas se calculan entre 0,5 y 13 millones de años, con un promedio de 5-10 millones de años. Sin embargo, la tasa de desaparición que enfrentan actualmente las especies es cada vez mayor, sobre todo a causa de las actividades humanas. Una estimación conservadora indica una pérdida de 3% a 9% de las especies del planeta para el año 2000. Si se mantiene el ritmo de extinción, el número actual de especies se habrá reducido a la mitad para el año 2050.69En Costa Rica algunos expertos hablan de la extinción local de ciertas especies, por ejemplo el sapo dorado (especie endémica conocida sólo de la localidad de Monteverde), el oso caballo y el águila arpía, ya que no se les ha observado durante muchos años en sus áreas de distribución.
En el marco de la Convención Internacional sobre Tráfico de Especies Amenazadas (CITES), el MINAE-SINAC elabora periódicamente un decreto que actualiza, mediante consulta a expertos, las listas de especies de aves, mamíferos, reptiles, anfibios y algunos invertebrados y plantas con poblaciones reducidas, amenazadas y en peligro de extinción.
El decreto N° 26435-MINAE, La Gaceta del 3.12.97,70 establece 83 especies de aves, 14 de mamíferos, 81 de anfibios, 28 de reptiles y 1.303 de plantas71 con poblaciones amenazadas o reducidas. Las especies con poblaciones en peligro de extinción son 16 de aves, 13 de mamíferos, dos de anfibios, ocho de reptiles y 40 de orquídeas (incluye el género Notylia72). A éstas se pueden agregar 18 especies de árboles maderables para las cuales se declaró una veda de aprovechamiento en enero de 1997.73 El total de especies bajo amenaza y en peligro de extinción es de 1.606, lo cual representa 1,8% de todas las especies conocidas hasta el momento en el país
Estas listas constituyen sólo una guía para la gestión de la biodiversidad ya que, además de que constantemente se está generando nuevo conocimiento, la investigación actual no es suficiente para determinar a ciencia cierta el estado de las especies conocidas.
Figura 11Porcentaje de especies de vertebrados y plantas con poblaciones amenazadas y en peligro de extinción, con respecto al número total de especies conocidas por grupo

En el grupo de los anfibios, desde hace varios años no se tienen registros del sapo endémico Atelopus senex, que habita las tierras altas de las cordilleras Volcánica Central y de Talamanca, ni del sapo dorado (Bufo periglenes). El sapo venenoso, también llamado sapo payaso o sapo pintado (Atelopus varius), que se distribuye desde 30 m s.n.m. hasta 2.000 m s.n.m. en todo el país, tiene poblaciones reducidas y cada vez es más difícil encontrarlo.74Los expertos coinciden en que los anfibios, por su piel permeable, dietas variables y un ciclo de vida que combina agua y tierra, son muy vulnerables a los cambios ambientales. Se cree que la disminución mundial de este grupo se debe, entre otros factores, al aumento de los rayos ultravioleta del sol por la reducción de la capa de ozono, al cambio climático global, a los pesticidas y al desarrollo de nuevas enfermedades, como una infección recién descubierta causada por un tipo de hongo parasítico acuático, que parece ser el causante de la disminución de poblaciones en Australia y América Central.75 En el caso del sapo dorado, especie endémica cuyo único hábitat conocido es el bosque nuboso de la Reserva Biológica Monteverde, otra causa posible es la deforestación que ha tenido lugar en los últimos años en los alrededores de esa reserva, la cual causó una disminución de la humedad y eso podría haber afectado la reproducción de esta especie. Algunos especialistas opinan que la extracción ilegal del sapo dorado puede ser un factor importante, o la lluvia ácida originada por gases de origen volcánico, y hasta cabe la posibilidad de que su ausencia se deba a una estrategia poblacional de la especie ante una circunstancia adversa, como la mencionada disminución de la humedad. Recientemente estudios del Centro Científico Tropical (CCT) han indicado que el cambio climático es la razón más clara de la desaparición del sapo dorado.
En el grupo de las aves, están en peligro de extinción el águila arpía (Harpia harpyja) y el halcón (Falco deiroleucus). Desde hace varios años no se tienen registros de estas especies; los expertos hablan de extinción local del águila arpía para Costa Rica; sin embargo, para esta especie hay signos esperanzadores de recuperación en el vecino Panamá, donde se han registrado al menos 60 nidos. El águila arpía se distribuye en los bosques tropicales de América Central y del Sur (norte de Argentina y sur de Brasil), pero su observación se ha hecho cada vez más esporádica o es nula en Centroamérica, con excepción de Panamá.76 Entre los reptiles, el peligro de extinción afecta a las especies de tortugas marinas, la boa y el cocodrilo. No obstante, se puede suponer que las ocho especies de tortugas terrestres también están amenazadas de alguna forma, aunque aún no se hayan reportado como tales. Del total de la flora costarricense, poco más del 25% se consideran especies raras, porque son escasas o conocidas de pocas localidades. Debido a la deforestación, más de la mitad del total de la flora (ca. 6.500 especies) se considera vulnerable o propensa a integrar el grupo de especies amenazadas. Por ejemplo, en las orquídeas, la familia de plantas con mayor número de especies del país (1.200),77 40 están en peligro de extinción y el resto tiene poblaciones reducidas.78 De las 2.000 especies de árboles, 18 están en peligro de extinción. Un alto porcentaje de insectos (aproximadamente el 75%) es exclusivo del bosque natural, por lo tanto la destrucción de estos ecosistemas trae consigo el peligro para estas especies.
Se considera que todas las especies de peces de agua dulce (135) están amenazadas en mayor o menor grado, por los efectos de la contaminación, el desvío de cauces, la pesca continental ilícita, la desecación de humedales por actividades antrópicas, la extracción de materiales para la construcción y la sedimentación, entre otros factores.79
Los mamíferos, uno de los grupos mejor estudiados, tienen dentro de la lista de especies amenazadas y en peligro de extinción a la danta (Tapirus bairdii), el mono ardilla (Saimiri oerstedii), el manatí (Trichechus manatus), el oso caballo (Myrmecophaga tridactyla) y felinos como el jaguar (Pantera onca), entre otras. El oso caballo u oso hormiguero gigante es la especie más amenazada de toda Centroamérica; de éste no se tienen registros desde 1989, cuando fue visto en La Selva y en el Parque Braulio Carrillo; anteriormente se podía observar en las tierras bajas de ambas vertientes, principalmente en zonas boscosas primarias.80
La distribución de las especies de mamíferos en peligro de extinción definidas en el Decreto del MINAE No. 26435, que se protegen en las áreas silvestres protegidas, se muestra en la Fig. 12. Áreas como los parques nacionales Corcovado, La Amistad y Tortuguero son las que protegen el mayor número de estas especies.Al hacer comparaciones a escala mundial, el de los anfibios es el grupo con mayor porcentaje de endemismo, tanto para Costa Rica como para países megadiversos como México y Colombia. Asimismo, el de los mamíferos es el grupo con mayor porcentaje de especies en peligro para estos tres países (Cuadro 8).
Figura 12Distribución de las especies de mamíferos en peligro de extinción por área protegida
En Costa Rica, el grupo de los anfibios (ranas, sapos, salamandras) es el que tiene el mayor porcentaje de especies amenazadas (45%) y también el mayor porcentaje de especies endémicas (20%). Los mamíferos (felinos, danta, manatí, monos, etc.) tienen el mayor número de especies en peligro de extinción (5,5%).